May 15, 2023
Monitoraggio della diffusione metastatica precoce del cancro polmonare in TRACERx utilizzando ctDNA
Nature volume 616, pages
Natura volume 616, pagine 553–562 (2023) Citare questo articolo
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Il DNA tumorale circolante (ctDNA) può essere utilizzato per rilevare e profilare le cellule tumorali residue che persistono dopo una terapia con intento curativo1. Lo studio di ampie coorti di pazienti che incorporino il campionamento longitudinale del plasma e un follow-up esteso è necessario per determinare il ruolo del ctDNA come biomarker filogenetico di recidiva nel carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC) in stadio iniziale. Qui abbiamo sviluppato metodi ctDNA che tracciano una mediana di 200 mutazioni identificate nel tessuto NSCLC resecato su 1.069 campioni di plasma raccolti da 197 pazienti arruolati nello studio TRACERx2. La mancanza di rilevamento preoperatorio del ctDNA ha distinto l'adenocarcinoma polmonare biologicamente indolente con un buon esito clinico. Le analisi del plasma postoperatorio sono state interpretate nel contesto della sorveglianza radiologica standard di cura e della somministrazione di terapia adiuvante citotossica. Analisi di riferimento dei campioni di plasma raccolti entro 120 giorni dall'intervento chirurgico hanno rivelato la rilevazione del ctDNA nel 25% dei pazienti, compreso il 49% di tutti i pazienti che hanno manifestato recidiva clinica; La sorveglianza del ctDNA da 3 a 6 mesi ha identificato una recidiva imminente della malattia in un ulteriore 20% dei pazienti con test di riferimento negativo. Abbiamo sviluppato uno strumento bioinformatico (ECLIPSE) per il tracciamento non invasivo dell'architettura subclonale a bassi livelli di ctDNA. ECLIPSE ha identificato pazienti con disseminazione metastatica policlonale, associata a un esito clinico sfavorevole. Misurando le frazioni di cellule tumorali dei subcloni nel plasma preoperatorio, abbiamo scoperto che i subcloni che seminavano metastasi future erano significativamente più espansi rispetto ai subcloni non metastatici. I nostri risultati supporteranno i progressi degli studi (neo)adiuvanti e forniranno approfondimenti sul processo di diffusione metastatica utilizzando biopsia liquida a basso livello di ctDNA.
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I file di sequenziamento del cfDNA, i dati di RNA-seq e i dati di sequenziamento dell'esoma tumorale multiregione (in ogni caso provenienti dallo studio TRACERx) utilizzati o analizzati durante questo studio sono stati depositati presso l'Archivio europeo genoma-fenomeno (EGA), ospitato dall'Istituto europeo di bioinformatica (EBI) e il Centro per la regolazione genomica (CRG) con i codici di accesso EGAS00001006494, EGAS00001006517 e EGAS00001006494 ed è soggetto ad accesso controllato a causa della natura dei dati e degli accordi di partnership commerciale. I dettagli su come richiedere l'accesso sono disponibili nella pagina collegata.
ECLIPSE è disponibile come pacchetto R da installare da github (https://github.com/amf71/ECLIPSE), disponibile solo per scopi di ricerca accademica non commerciale. Il codice utilizzato per produrre le figure in questo documento è disponibile su richiesta.
Moding, EJ, Nabet, BY, Alizadeh, AA & Diehn, M. Rilevazione di residui liquidi di tumori solidi: malattia residua minima del DNA tumorale circolante. Scov. 11, 2968–2986 (2021).
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